経済学研究科は，自由と自主を尊重する気風とアカデミックで独創的な研究を大切にする伝統を持っており，この雰囲気の中で，大学院生は豊かな教養と学識を身につけるとともに，創造性と高度な専門能力を有する研究者として，また先端的な専門知識と基礎的分析能力を備えた専門的職業人として，育ってきました．
研究科の沿革を簡潔に記すと，次の通りです．
| 明治32年7月 | 法科大学の開設に伴い，経済学講座を設置する |
|---|---|
| 大正8年5月 | 経済学部を設置する(講座数8) |
| 9年7月 | 経済資料調査室を設置する |
| 昭和24年5月 | 新制京都大学を設置する |
| 28年4月 | 新制大学院を開設する．経済学研究科を設置する |
| 28年5月 | 経済学研究科に理論経済学・経済史学専攻，経済政策学専攻を設置する |
| 34年4月 | 経済学科を経済学科(11講座)，経営学科(5講座)の2学科制とする |
| 38年4月 | 経済学研究科に経営学専攻を設置する |
| 59年4月 | 経営学科を改組し，大講座制へ移行する |
| 62年4月 | 経済学研究科に現代経済学専攻(独立専攻)を設置する |
| 62年4月〜 平成2年4月 |
経済学科大講座制を実施する |
| 8年4月〜 9年4月 |
経済学部・経済学研究科の改組再編を行う 経済学研究科は，経済システム分析専攻，経済動態分析専攻，組織経営分析専攻および現代経済学専攻の4専攻に再編する 経済学部は，大学科目制を導入する(経済学科5大学科目，経営学科2大学科目) |
| 10年3月 | 大学院重点化が完成 |
| 12年4月 | 経済動態分析専攻に「ファイナンス工学講座」を設置 |
| 13年4月 | 組織経営分析専攻に「事業創成学講座」を設置 |
| 14年4月 | 「大和証券グループ・ファイナンス工学講座」を寄付講座として開設 |
| 14年12月 | 経済学研究科内に「上海センター」を開設 |
| 15年1月 | 上海復旦大学内に「上海センター支所」を設置 |
| 15年4月 | 学部カリキュラム改革を完全実施 |
| 16年4月 | 大学院に「ビジネス科学専攻」を新設．従来の「社会人コース」「留学生コース」は廃止． |
| 18年4月 | 専門職大学院である，経営管理大学院，公共政策大学院の設置に伴い，大学院の大幅改組． 「ビジネス科学専攻」は経営管理大学院へ発展的解消． |
| 19年4月 | みずほフィナンシャルグループによる寄附講義の設置 |
| 20年4月 | 経済学研究科の改組を行う 経済システム分析専攻，経済動態分析専攻，現代経済・経営分析専攻の3専攻を経済学専攻1専攻に再編する． |
| 23年4月 | 三井住友銀行及び京都銀行による寄附講義の設置 |
| 23年10月 | みずほ講義室・みずほホール・三井住友金融教育研究センター・コモンルーム等の竣工 |